一些学者对红茶菌菌液中所含成分进行了分析，由于所采用的菌种、培养条件、分析方法、分析的侧重点等方面都不尽相同，因此不同的资料其结果也不同。
德国的Günther W. Frank(1991) 认为红茶菌中含有葡萄糖醛酸、葡萄糖酸、醋酸、酒精、乳酸、氨基酸、蛋白质、叶酸、地衣酸、Vc 和多种B族维生素等[14]。C.-H.Liu 等人(1995)对来自台湾的两种红茶菌用HPLC 进行分析，显示该红茶菌中含有甘油、乙酸和乙醇。
美国的Michael R.Roussin(1996) 报道了用HPLC/MS/PDAD(高效液相色谱/质谱/光电扫描)方法对来自美国和世界其他地方的19 个红茶菌试样进行了化学成分分析，结果没有找到以前几乎是公认的功能因子-葡萄糖醛酸，而且各种维生素的含量很少，不过检出了许多前人没有检出的物质。
他们从这19 种红茶菌中检出了40 多种化学物质。而这些物质进入人体后如何起作用还需进一步的科学研究。Biljana Bauer-Petrovska(1998)用原子吸收色谱法和薄层色谱法对红茶菌中的矿物质和可溶性维生素进行了分析，结果表明对人体有益的微量元素锌、铜、铁、锰、镍和钴的含量比不经发酵的茶水中的要高，对人体有害的元素铅和铬的含量都很少，且比茶水中的含量减少了许多。这说明经微生物作用，可以增加有益元素而减少有害元素。红茶菌饮料主要营养成分及相应的功能如下：1、多糖、茶多酚、低聚异麦芽
糖、茶碱：提高人体免疫力，增强自身抵抗力;调节血脂，调节血 糖;促进双歧杆菌生长，减少肠道腐败物质和致癌物质;增加T-淋巴细胞和B-淋巴细胞的数量，提高机体的防御能力。
2、醋酸、乳酸、柠檬酸：清理肠胃，帮助消化，防治便秘，提高维生素的稳定性，预防有害病菌、病毒入侵，预防感冒。
3、咖啡因：提高大脑活力，消除疲劳，振作精神。
4、红茶菌中含有三种对人体有益的益生菌：酵母菌，醋酸菌和乳酸菌。对人体可起到特殊的保健作用。
5、清理肠胃，消毒解毒，通畅大便，杀灭有害病菌，增加有益菌落，适用于急慢性胃炎，肠炎，便秘，顽固性便秘消除，顽固性腹泻，痢疾等痊愈。
6、调理肠胃，食欲不振这增加饮食，饭量大增，营养不良者可恢复健康，特别是可使城乡最常见最难治的胃溃疡，十二指肠胃溃疡，胃下垂等胃病痊愈，反胃，呕吐，反酸水等症状消失。
7、现代医学证明，醋酸具有消除疲劳、增强食欲、帮助消化、防治高血压和动脉硬化的作用，还具有一定的抗肿瘤、防肥胖，使钙易于被人体吸收、保持骨骼的柔韧以及润肌嫩肤的作用。
8、肝脏障碍排除，急慢性肝炎、肝硬化痊愈。许多人认为红茶菌的解毒抗癌功能因子之一是葡萄糖醛酸，它是人体肝脏中最主要的解毒物质之一。
9、红茶菌中存在的葡萄糖二酸1,4 内酯可使肝素、透明质酸、硫酸粘多糖以及葡萄糖醛酸的破坏大大减少，帮助身体更有效地排出毒素，防癌抗癌，并缓解关节炎、痛风、气喘和相关组织功能下降所引起的其它不适。
10、痔疮软化消失，更年期功能障碍减少。红茶菌中的葡萄糖酸能与重金属结合形成水溶性复合物，帮助人体排出有害的重金属元素。有研究表明新的红茶菌饮用者尿中的重金属含量增加。1、过敏反应：尤其是患有酸过敏的人，饮用红茶菌可能会感觉不舒服，因为红茶菌含有有机酸。
2、细胞因子的活性过度活跃刺激自身免疫系统造成一些反应。
3、自身的一些疾病或者肾脏与膀胱功能相对较弱造成的。如果本身肾脏功能不强或者毒素太多，然后喝的剂量太多，会导致肾脏超负荷工作。（可导致关节炎，腰痛，神经痛，痛风，肾病等）
4、有些初饮者服用红茶菌后会有的副作用，如兴奋、失眠、胃酸、轻度腹泻、皮肤发痒等。