明代，改行省为承宣布政使司（简称“布政司”），废路存府、州，全国分统于15个布政司，亦称15个省。
洪武元年东昌属山东布政使司东昌府。东昌府辖3州15县。3州是：临清州（州治今山东临清），辖丘县（今河北丘县）、馆陶县（今河北馆陶）；
高唐州（州治今山东高唐），辖恩县（今山东平原西南）、夏津县（今山东夏津）、武城县（今山东武城）；
濮州（州治今河南濮阳东北），辖范县（今河南范县西南）、观城县（今河南清丰东北）、朝城县（今河南南乐东）；
聊城县（今山东东昌府区）、堂邑县（今山东东昌府区西北）、博平县（今山东茌平西）、茌平县（今山东茌平）、莘县（今山东莘县）、清平县（今山东高唐西南）、冠县（今山东冠县）。
清代通称为省，全国初为18个行省，后增至22个行省，省下为府、县两级。境内今属8个县市均隶山东省。聊城、茌平、高唐（一度为直隶州）、平轩、莘县、冠县、属东昌府，东阿初属兖州府东平州、后属泰安府，阳谷属兖州府，临清初属东昌府、后为直隶州。
自1840年鸦片战争至1911年辛亥革命推翻帝制的71年间，域境建置无大变化。
1912年，山东省废府设道，境域为济西道（治聊城），1914年改为东临道。1928年废道，境内各县直属山东省。1936年，全省下设12个行政区，区设行督察专员公署。鲁西北为第六区，辖聊城茌平、博平、东阿、阳谷、寿张、范县、莘县、冠县、朝城、观城、堂邑、濮县等13个县；临清、高唐时属第四区。
1937年，7月7日芦沟桥事变发生至1938年，除濮县、范县、观城3个县外，均为沦陷区。抗日战争爆发，共产党领导下的县、专区抗日民主政权逐步建立。1939年10月，鲁西北行政委员会成立。1940年4月，成立鲁西北行政主任公署，下设泰西、运西、鲁西北、运东4个专署。聊城、东阿、阳谷、博平、清平、茌平等县属运东专署，冠县、馆陶、临清、邱县、堂邑、莘县、朝城、朝北等县属鲁西北专属，濮县、范县、观城、寿张等县属运西专属。
1941年6月，中共中央北方局决定鲁西行署和冀鲁豫行署合并，成立新的冀鲁豫行署，辖7个专署，原鲁西行署的泰西、运西、鲁西北、运东为第一、二、三、四专署，原冀鲁豫行署的辖区为第五、六、七专署。濮县、范县、寿张等县属第二专署；观城、朝城、莘县、朝北、聊堂、冠县等县属第三专署，筑先、阳谷、东阿、茌平、博平、清平等县属第四专署，馆陶属冀南行署第三专署，临清属冀南行署第四专署，高唐属冀南行属第六专署。同年12月，原属冀鲁豫行署第四专属的张秋、第二专属的寿张和黄河以东的昆山、东平等县组成第八专署。
1942年12月，冀鲁豫行署第一、四专署合并为第一专署，辖筑先、阳谷、东阿、茌平、博平、清平、平阿等县。
1943年，原冀鲁豫行署第三专署与冀南行署第七专署合并为冀鲁豫行署第七专署。临清、冠县、卫东、馆陶、宏毅、莘县、堂邑、清平、朝北属之。
1944年5月，冀南行署、冀鲁豫行署合并为新的冀鲁豫行署。
1945年9月，中共中央决定撤销北方局，建立晋冀鲁豫和晋察冀两个中央分局，同时恢复冀鲁豫、冀南两区行署，冀鲁豫行署辖8个专署，冀南行署辖5个专署。筑先、阳谷、东阿、茌平、博平、清平、平阿县属冀鲁豫行署第一专署，后改为第六专署，濮县、范县、寿张、张秋、观城属冀鲁豫行署第二专署；后改为第九专署，临清、馆陶、冠县、武训、永智、莘县及临清镇属冀南行署第一专署，高唐属冀南行署第二专属。
1947-1948年8月，筑先、东阿、聊阳、茌平、博平、河西属冀鲁豫行署第六专署，寿张、阳谷、范县、濮县、观城属冀鲁豫行署第九专署，临清、馆陶、冠县、武训、永智、莘县、临清镇属冀南行署第一专属，高唐属冀南行署第二专属。
1949年8月20日，聊城行政督察专员公署成立，属平原省。聊城、阳谷、东阿、茌平、博平、堂邑、清平、冠县、莘县、高唐、寿张、及聊城城关区（县级）隶属该区，濮县、范县、观城、朝城属平原省濮阳专区，馆陶、临清镇属河北省邯郸专区。
1952年11月平原省撤销，聊城专署改属山东省。
1967年3月，聊城专员公署更名为聊城地区革命委员会。
1978年7月，聊城地区革命委员会更名为聊城地区行政公署。
1998年3月，聊城地区行政公署更名为聊城市人民政府。
