聊城中国运河文化博物馆建筑面积1.6万平方米，陈列面积近7000平方米。馆名由我国著名社会学家、人类学家、原全国人大常委会副委员长费孝通先生题写。博物馆共五层，地下一层，地上四层，分陈列区、收藏区、研究和学术交流区三个功能分区。
聊城中国运河文化博物馆整体陈列以“运河推动历史，运河改变生活”为主题，旨在全方位、多角度地收藏、保护和研究运河文化，反映和展示运河的古老历史、自然风貌和民俗风情。基本陈列为“运河文化陈列”与“聊城历史文物陈列”。
聊城是运河沿线的重要城市之一，聊城与运河有着割不断的历史渊源。隋代开凿的京杭大运河从聊城境内西侧穿过。元代会通河纵贯聊城境内腹地，为聊城带来了数百年的经济和文化繁荣，积淀了丰富的运河文化资源。
为传承、弘扬运河优秀的历史文化，聊城在“八五”期间，就提出要建设运河博物馆，并将运河博物馆列入了“八五”计划，后又相继列入“九五”、“十五”发展规划、文化大市建设规划等。
经过十余年的努力，运河博物馆于2002年开工建设，2004年完成主体施工。博物馆主体建筑独特雄伟，远看就像一只巨大的漕船，在运河里乘风破浪，昂首前行。
2004年下半年，开始进行运河博物馆的陈列布展前期准备工作。2008年8月，中国运河文化博物馆陈列布展工作领导小组成立，负责运河文化博物馆的布展工作。
2009年5月1日，聊城中国运河文化博物馆举行隆重开馆仪式，正式对外免费开放。
运河文化陈列
运河文化陈列获首届“山东省博物馆纪念馆十大精品陈列”。
运河，是人类文明的重要标志，是改造自然、造福人类的智慧结晶。古往今来，运河总是伴着一方经济的繁荣而彰显雄伟的身姿，释放着济世利民的无穷魅力。运河的贯通，拉近了经济文化交流的距离，带动了城市带、经济带和文化带的兴起。
世界运河陈列展厅
早在公元前19世纪，古埃及就开挖了连接尼罗河和红海的运河。从16世纪到18世纪，欧洲进入运河建设的高速期。18世纪下半叶到19世纪70年代，又相继开挖了深水运河，其中最著名的是基尔运河、苏伊士运河和巴拿马运河。各国的运河有着各自不同的用途，因而也有着不同的风采。
中国运河陈列展厅
中国大运河始凿于春秋，形成于隋唐，兴盛于明清，是中国水利工程史上的一座丰碑，对我国政治统一、经济发展、文化繁荣发挥了重要作用。在运河的开凿和利用过程中，我国劳动人民创造了丰厚的物质和精神财富，形成了独具特色的运河文化，成为中华民族灿烂文化的一个重要组成部分。
聊城运河陈列展厅
聊城是得运河之利和受运河影响较早的地区之一，元代的会通河纵贯聊城腹地，为聊城带来了历史性的发展机遇。明清时期，聊城、临清、张秋成为运河沿岸重要商埠，“南有苏杭，北有临张”，这里的临张指的就是临清和张秋。而聊城则被誉为“漕挽之咽喉，天都之肘腋”，“江北一都会”。
聊城历史文物陈列
聊城历史文物陈列荣获第二届（2013年度）山东省博物馆、纪念馆十大“精品陈列展览”。
聊城是一座全国历史文化名城，它东倚泰岱、西引秦晋，南通吴楚、北依燕赵，沃野无垠，神光钟暎，自古为政治要枢，兵家重地，人文渊薮，商贸通都。
聊城是中华文明的最早的发源地之一。这片古老，美丽，广阔，神奇的土地，曾经孕育了一代又一代勤劳、智慧、忠直、勇敢的鲁西先民。这里的人民曾经用双手创造出了熠熠生辉的高度文明。
第一展厅 史前时期大量出土文物表明，史前时期先民们就在这片土地上繁衍生息。茌平教场铺、阳谷景阳冈两组龙山文化城址的发现，表明当时已经形成了“都、邑、聚”金字塔形三级社会组织结构，为研究中华文明起源提供了重要参考资料。传说中的中华人文始祖蚩尤以及仓颉、巢父、舜、禹等先贤都在聊城留下了活动的足迹。
第二展厅 商周秦汉—魏晋隋唐时期商、周时期，聊城境内分布着许多重要方国。春秋战国时期，这里是诸侯争霸的战略要地。秦汉时期，经济发展，百业兴旺，境内考古发现的大量文物，为研究两汉社会发展提供了资料。魏晋到隋唐是我国民族大融合时期，各种文化思潮交融激荡，涌现出一批彪炳史册的杰出人物和才俊之士，在历史上留下了可歌可泣的辉煌篇章。
第三展厅 宋辽金元—近现代时期宋辽金元时期，经济社会继续发展，文化呈现多元化特征。元代会通河开掘后，聊城的区位优势大大提升。明清时期，聊城借运河漕运之利，成为运河沿岸商贸重镇、军事重地和鲁西的政治文化中心。近现代时期，聊城爆发了民主革命和反帝爱国运动，涌现了众多杰出人物人物，为中华民族的解放和中国革命的胜利作出了积极的贡献。
聊城中国运河文化博物馆自2009年5月1日正式免费开放以来，坚持“三贴近”原则，充分发挥职能优势，不断加强自身建设，为弘扬历史文化，普及运河知识，促进大运河申遗发挥了积极的作用。
聊城中国运河文化博物馆现为山东省爱国主义教育基地、山东省社会科学普及教育基地、三星级山东省科普教育基地、山东省德耀齐鲁道德示范基地、齐鲁文化特色新地标，正逐步成为江北水城·运河古都最具影响力的靓丽文化名片之一。
